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计算所pFind团队在ABRF2015国际评测中表现出色
2015-06-25 | 【 【打印】【关闭】

  近日,在圣路易斯市的会展中心举行的美国质谱年会上,ABRF(The Association of Biomolecular Resource Facilities)报告了由其组织的蛋白质组学数据分析评测的最新结果。计算所pFind团队提交的结果,在报告准确鉴定蛋白质数目(定性分析结果)、报告正确的含量显著差异蛋白质(定量分析结果)这两个关键指标上,表现出色(http://www.abrf.org/index.cfm/group.show/ProteomicsInformaticsResearchGroup.53.htm)。

  ABRF由800多位工作在生物技术资源与研究实验室的科学家组成,覆盖了140多个来自全球各政府、学术、研究、工业和商业届的国际核心实验室。最近几年内,每一年,该组织都组织系列评测任务,特别是蛋白质组信息学研究组iPRG(Proteome Informatics)负责有关蛋白质组质谱数据分析软件和算法的评测。

  计算所贺思敏研究员领导的pFind团队在2008年就开始参加该研究组的评测任务,当年pFind的鉴定性能在参与评测的领域专家里达到中等水平。接下来的几年间,pFind团队持续参加iPRG评测,pFind系列软件性能稳步提升。今年pFind团队也参加了该评测,主要工作由今年刚留所的刘超博士以及硕士二年级学生涂慧君完成,他们提交的2组结果综合性能领先。

  今年的评测内容是使用基于生物质谱技术的蛋白质非标记定性、定量软件,确定两个生物样品间的含量显著差异的蛋白质。评测主办方制备了两份完全相同的酵母样品,即这两份样品中的蛋白质含量是一样的。这些蛋白质数目在4000到5000之间。另外,评测主办方以实验手段在样品中分别加入了6个含量显著差异蛋白质,做为正确答案。参评队伍要定性、定量分析数千个蛋白质,报告其中含量有显著差异的蛋白质。

  今年的评测,吸引了来自世界各地共51支参评队伍,其中有10支队伍来自iPRG委员会委员领导的团队。大部分队伍提交了自己的详细信息,由此我们得知,这些队伍中,有10支来自中国,6支来自比利时,5支来自法国,5支来自中国香港,4支来自瑞典,4支来自美国,2支来自澳大利亚,2支来自意大利,其他各队分别来自加拿大、希腊、以色列、瑞士和德国。

  刘超博士使用pFind团队全自主开发的蛋白质定性软件pFind和蛋白质定量软件pQuant分析了本次评测的数据,并提交了结果。刘超博士提交的结果,报告准确鉴定蛋白质数目为4284个。涂慧君提交的结果,报告准确鉴定蛋白质数目为3851个。其他队伍报告的准确鉴定蛋白质数目从3800左右向下到1500左右不等。

  本次评测最核心的任务是报告样品间正确的含量显著差异蛋白质。刘超博士提交的结果,精确报告了6个正确蛋白质,没有多报告一个假阳蛋白质,也没有遗漏一个真阳蛋白质。涂慧君提交的结果,报告了7个蛋白质,其中包含了6个正确答案,多报告了1个假阳。在报告人工加入的差异表达蛋白质上,只有两支队伍完全准确地报告了这6个蛋白质,其中就包括用pQuant分析提交的一组结果。

  在上述两个关键指标上,pFind团队的两组分析结果均表现出色。这极大地鼓舞了pFind团队全体人员的研发信心,为更好的开发pFind,服务于蛋白质组学领域而不懈努力。

  

 
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