2010年3月20日至23日在美国加州首府萨克拉门托(Sacramento)市的会展中心举行了2010年的ABRF会议,ABRF(The Association of Biomolecular Resource Facilities)由800多位工作在生物技术资源与研究实验室的科学家组成,覆盖了140多个来自全球各政府、学术、研究、工业和商业届的国际核心实验室.最近几年内每一年,该组织都组织系列评测任务,特别是蛋白质组信息学研究组iPRG(Proteome Informatics)负责有关蛋白质组质谱数据分析软件和算法的评测.由计算所生物信息学组研发的蛋白质鉴定软件pFind在2008年就开始参加了该研究组的评测任务,当年pFind的鉴定性能在参与评测的领域专家里达到中等水平.

2010年iPRG的分析任务是对提供的一组公共的磷酸化蛋白质组高精度质谱数据, 使用自己选择的软件工具进行分析,按提交模板的格式要求提交鉴定结果, iPRG研究组负责对提交结果的收集,分析与评测. pFind研究组2009年11月21日收到了数据,开始分析,2010年1月12日提交了两组分析结果,代号分别为86010和13800.全部分析过程都是使用了研究组自主开发的软件. 在2010年3月22日的ABRF会议上iPRG发布了评测结果, 计算所孙瑞祥副研究员代表研究组参加了评测结果的发布报告. 共有33个实验室提交了分析结果,其中来自美洲的有23个,欧洲5个,亚洲3个,大洋洲2个. 从鉴定数量和与其他实验室结果的一致性分析比较, pFind的两组分析结果占据了最好的3组结果中的两席, 整体鉴定结果极大地鼓励了研究组人员的研发信心,为更好的开发pFind, 服务于蛋白质组学领域而不懈努力.

另外,由研究组主力研发的蛋白质高精度质谱数据从头测序算法pNovo参加了3月26日到28日在美国加州大学圣地亚哥分校举行的计算分子生物学国际会议计算蛋白质组学卫星会议的大会报告,该会是计算蛋白质组学领域最主要的例行国际会议,每两年召开一次.本次会议上由研究组的博士生迟浩报告了pNovo的研究成果,引起了Pavel Pevzner、 David Tabb、Marshall Bern等国际同行学者的关注. 该论文已经发表在蛋白质组研究期刊上(Journal of Proteome Research, JPR).2010年该会共收到34篇投稿,其中精选了10篇论文发表在JPR上,并邀请作大会报告. 除了来自中国大陆的pNovo外, 来自香港科技大学电子工程系的于维川组发表了关于定量方面的论文.同时,该会还展出了68篇墙报,其中包括生物信息学研究组的两篇关于ETD质谱鉴定和后缀数组索引的墙报.(详细信息可参见http://casb.ucsd.edu/cp2010/)

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详细结果可参见:http://www.abrf.org/index.cfm/group.show/ProteomicsInformaticsResearchGroup.53.htm